Управление Учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и Уставом Учреждения и строится на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом Учреждения является Директор Учреждения, назначаемый на эту должность и освобождаемый от нее Учредителем на конкурсной основе. Директор Учреждения осуществляет свою деятельность на основании заключенного с Учредителем трудового договора.
К компетенции Директора относятся вопросы осуществления текущего руководства деятельностью Учреждения, за исключением вопросов, отнесенных законодательством Российской Федерации или настоящим Уставом к компетенции Учредителя или иных органов управления Учреждением.
Часть своих полномочий директор может делегировать своим заместителям соответствующим локальным актом. Заместители осуществляют непосредственное руководство направлениями деятельности Учреждения и несут ответственность за вверенное им направление в соответствии с должностными инструкциями и приказами директора.
В Учреждении формируются коллегиальные органы управления: Общее собрание трудового коллектива, Педагогический Совет, Совет Учреждения.
МБУДО «Чебоксарская детская музыкальная школа №5 им. Ф.М.Лукина» структурных подразделений не имеет.